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Auf der rechten Isarseite - etwa 50 m nördlich der St.-Emmeram-Brücke - rauscht der Brunnbach in die Isar.
Der heutige Brunnbach hat seine Quellen am Isarhochufer im Herzogpark. Im Anfang des Bachlaufs werden mehrere Privatgrundstücke durchquert, auf denen der Bach teilweise in Rohre gefasst ist. Anschließend folgt er in gerader Linie dem Mittlere-Isar-Kanal, fließt durch das Gelände von St. Emmeram und wird dann in einem Düker unter dem Mittleren Isarkanal hindurchgeführt. Der Großteil seines Wassers tritt hinter der St.-Emmeram-Brücke aus einem als Brunnen gestalteten steinernen Maul wieder an die Oberfläche.